Hola ealaequis:
Esta vez no pude revisar muy bien tu código por falta de tiempo. Pero los problemas de la consulta de conteo de registros, generalmente se solucionan definiendo la variable $_pagi_conteo_alternativo como "true".
Código PHP:
// Esta línea debe ir justo antes del include(... paginator..)
$_pagi_conteo_alternativo = true;
Saludos,