es facil solo tienes que modificar la dir donde están las imágenes en el xml que esta en la carpeta principal modifica esto<setup path="images/"> por esto <setup path="dir1/images/">
Código:
<gallery>
<!-- The line below sets the path to the folder where the images are stored -->
<setup path="dir1/images/">
<!-- The the following lines are used to customize the look of the gallery -->
<imgWidth>373</imgWidth>
<imgHeight>279</imgHeight>
<thumbWidth>40</thumbWidth>
<thumbHeight>32</thumbHeight>
<transitionType>fade</transitionType>
<thumbnailRows>1</thumbnailRows>
<thumbPosition>left</thumbPosition>
<captionPosition>top</captionPosition>
<showControls>false</showControls>
<backgroundAlpha>0</backgroundAlpha>
</setup>
asi el swf que esta en la carpeta puede ir hasta la carpeta de images dentro del dir1
aver si te sirve