Tienes que emplear "links" de conexiones diferentes y usar todos los parámetros referentes a cada una de las dos base de datos .. ahora ya no vale hacer cosas como:
mysql_connect(host,user,pass);
mysql_select_deb("tabla");
$consulta_bd1=mysql_query($consulta) ..
sino que hay q decir cosas como:
Código PHP:
$link_db1=mysql_connect(host,user,pass);
mysql_select_db("base_datos_db1",$link_db1);
$consulta_bd1=mysql_query($consulta,$link_db1);
Eso para cada Base de datos que trabajes ..
Ahora, si quieres hacer una consulta que arroje resultados de ambas base de datos en un mismo "query" (consulta) .. "creo" que no vas a poder hacerlo .. te tocará componer esa información de ambas base de datos haciendo consultas independientes.
Si no te aclaras .. mejor explica que datos tienes en ambas base de datos y que es lo que quieres obtener de las dos y como .. Algo de código q usa tambien será útil.
Un saludo,