sobre el primer punto (los selects "infinitos"), creo que no hay otra solución, o por lo menos no se me ocurre a simple vista nada alternativo a eso, podría ser con jopins, pero eso siempre que exista un límite de subcategorias, pero como lo que planteas es un arbol sin limites, no creo que exista otra alternativa que recorrer el arbol en forma ascendente cada vez que quieras obtener la ruta hacia ese nodo.
Sobre las URLs de los directorios, lo que buscan con esas url tipo carpetas y subcarpetas es aparecer en los buscadores, son URLs "amigables" para los buscadores como google, o altavista, ya que esos buscadores no indexan ulrs con parámetros (index.php?variable=valor). Si querés leer algo sobre el tema, podés ver
este artículo que propone varias formas de lograrlo.
espero que te sea útil,
saludos,
chubu