Usando el formato SSA (SubStation Alpha) puedes modificar varios parámetros como la posición, tipo de letra, tamaño, color, etc... Pero al final todo depende del reproductor que uses, ya que muchos ignoran todos los parámetros de estilo que tengan los subtítulos.
Tienes la opción de pegar de forma definitiva los subtítulos en el vídeo (formato AVI), usando virtualdubmod te quedarán del estilo que definas
Si te interesa:
www.mundodivx.com/subtitulos/avi.php 