Debería, porque es lo que dicta la lógica, pero no es así.
Y mira qué casualidad, en el ejemplo que pones aparece este parámetro:
<param value="transparent" name="wmode"/>
Y luego este otro:
<embed id="imageViewerObject" width="800" height="600" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" quality="high"
wmode="transparent"