Si, de hecho sí se puede. Pero no estoy seguro de cómo necesitas ejecutarlos porque hay dos formas. Siguiendo tu código:
Código PHP:
foreach($files as $v) {
$ext = strtolower(array_pop(explode(".",$v)));
if($ext=="php"){
//Aquí necesito que me ejecute los $v (que son rutas a archivos .php)
include($v);
}
}
La otra forma es mandando a llamar el ejecutable de PHP y que éste ejecute los scripts.
Salut.