como hiciste para instalar el Ubuntu como una aplicación mas dentro de Windows... podrías dar mas detalles de todo el proceso... el Ubuntu es un SO que incluso usa un formato de archivos diferente al de Windows, y si bien en una misma maquina puedes tener 2 o mas SO, digamos WinXp con Ubuntu y si gustas alguno mas, esto se hace instalando cada uno en una partición/disco diferente a menos que lo hagas con una maquina virtual pero me parece que no es tu caso.
en resumen... mas detalles....