No, no hay manera; Explorer interpreta el modelo de caja de forma diferente a los demás navegadores. Esto es así y no hay nada que hacer. Pero creo que eso no ocurre precisamente con el padding, sobre lo que tú preguntabas, en el que interpreta las cosas generalmente igual que los demás.
Cita: El doctype, strict o transitional, no modifica nada, según he probado.
Sí, en general te van a modificar muchas cosas con respecto a no usarlo, y te recomiendo que nunca más los abandones en tus diseños web.
Hay cosas que tienen solución antes de usar los comentarios condicionales. Si concretas la consulta sobre algo específico, quizá haya alguna alternativa compatible.