SYSTEM, no se ha encontrado/dañado

[mshl]

W2000 no cargaba, solo mandaba una pantalla negra al intentar cargar, y en a modo prueba de fallos, mandaba este mensaje:

No se ha iniciado el windows 2000 porque no se ha encontrado este archivo o bien el archivo esta dañado: \WINNT\SYSTEM32\CONFIG\SYSTEM

Despues de leer por aqui y por alla, inicie el sistema con un disco de arranque, y renombre el archivo, a cualquier otro nombre, reinicie y listo. Para mi sorpresa. Revise el directorio en particular y w2000 habia creado otro archivo llamado SYSTEM

Aqui vienen las preguntas:

Para que es este archivo SYSTEM?
Porque windows no lo ignora, pasa por alto si esta dañado en lugar de dar dolor de cabezas, casi formateo la compu.
Alguien le ha pasado lo mismo?
Es esta una solucion normal?

PD. me parece que mi sistema de archivos es FAT32, alguien sabe como verificarlo.