Aqui les doy una corta lista de los que he usado y/o han cogido mi interes.
ConfigServer Security & Firewall 
(gratis!) Aplicacion de Seguridad y Firewall
http://configserver.com/ ConfigServer Explorer (gratis!) Explorador de FileSysterm
http://configserver.com/ ConfigServer Mail Queues (gratis) Explorador de Exim Queues (entrante/saliente)
http://configserver.com/ ConfigServer Mail Manage (gratis!) Manejo de cuentas de correos (configuración, estadisticas)
http://configserver.com/ Fantastico (desde 0 USD) Instalador de programas Open Source
http://www.netenberg.com/fantastico.php WHMXtra (desde 0 USD) Instalador y manejador de muchas herramientas, incluye Nobody Check, scripts de ConfigServer, CHKrootkit, RKHunter, etc)
http://www.whmxtra.com/ WHMReseller (desde 40 USD/anual) Habilita a tu cliente WHM revendeder paquetes revendedores WHM.
http://deasoft.com/software.php WHMSonic (35 USD) Instalador de servicios de Shoutcast, WHM/Cpanel Plugin
http://www.whmsonic.com/ ASSP X (Gratis) Solucion anti spam basado en ASSP
http://sultanserver.com/ ASSP Deluxe (desde 29 Euros) Solucion anti spam basado en ASSP
http://www.grscripts.com RVskin (desde 0 USD) Administrador de Skins de Cpanel incluye 10 skins/themes Cpanel
http://www.rvskin.com