El Internet Explorer 6 tiene muchos fallos, es bastante molesto.
Quizás lo que te está molestando es el
Modelo de Cajas. Fijate en este tema, por ejemplo:
http://www.forosdelweb.com/f53/ie6-b...g-left-638550/
Te recomiendo, además de lo que te comenta
webseficientes, utilizar
comentarios condicionales para crear una hoja de estilos específica para el IE6.
Saludos.