Ah.. bien.
Como no hacías uso de punteros imaginé que sólo querias ver paso de matrices a funciones.
Para hacer un paso por referencia sólo tienes que tener en cuenta la declaración de la función, puesto que el nombre de la matriz ya es un puntero.
Código PHP:
void cambiaMatriz(int (*matriz)[NUM_FILAS]);
[...]
int matriz[NUM_COL][NUM_FIL];
cambiaMatriz(matriz);
[...]
Para acceder a los elementos hazlo con la forma:
Código PHP:
*(*(matriz+NUM_COL)+NUM_FIL)