lo que se me ocurre rapidamente es lo sig:
haslo por iframe, digamos en en tu cabecera tienes el espacio del frame, en una tabla ó layer, pon un iframe donde tenga un detector del plug-in de flash, (el script lo puedes encontrar rapidamente en
http://javascript.internet.com) este script debe de tener la funcion de que te mande a 2 paginas, si tiene el plug, te manda por ejemplo a flash.htm y si no lo tiene te manda a sin_flash.htm, en este caso puedes usar esa redireccion para tu banner en swf ó gif
espero haberme explicado
adious!