amiga....
osea, no es como llamas la URL desde el navegador, sino es como escribes los enlaces???
Código:
<a href="http://pagina.com/foo/bar">Enlace</a>
ya que parece imposible, que escribiendo la URL completa te de problemas, en serio!
lo que esta en negritas debería ser obligatorio, pues aun sin el nombre del servidor debe funcionar igual...
o bien, como es que lo haces??