Bueno, no soy precisamente un experto en PHP, pero voy a intentar responder un poco a tus dudas.
Para empezar PHP (al igual que ASP, potr ejemplo) es un lenguaje que se ejecuta en el servidor, es decir, el usuario hace una petición a la página, y el servidor se encarga de ejecutar el código y enviar una página en HTML.
Las páginas PHP no incluyen sólo código PHP (por lo general) sino que lo combinan con HTML, JavaScript, etc.
Las extensiones varian dependiendo del servidor en el que esté y de su configuración, aunque lo más normal es que sean ".php"
Hay que destacar que, al ser un lenguaje que se ejecuta en el servidor, siempre que se quiera realizar alguna acción, se debe de volver a enviar información a dicho servidor, para que ejecute el código correspondiente.
Otra cosa señalable (como he puesto antes) es que la página final que llega al usuario NUNCA contiene el código PHP, sino que éste se encarga de ejecutar las instrucciones que hagan falta y general una página HTML, que es lo que ve el usuario.
Espero que haya servido de algo ésta pequeña introducción, y disculpad si no me he expresado bien, o todo aquello que no sea correcto del todo.
Para acabar, es muy recomendable buscar siempre buenos tutoriales sobre el tema, y la (bajo mi punto de vista) mejor página sobre PHP
http://www.php.net
Un saludo.