Mira, si añades position: relative al contenedor, cuando pongas dentro él una caja con position: absolute, ésta hará scroll con el contenedor, mientras que la otra caja quedará fija como antes.
Prueba a añadir el relative que te digo y ahora añade dentro del contenedor este div:
<div style="background-color: #00f;width: 100px; height: 100px; position: absolute;top: 20px; left: 20px;"></div>
Verás que se mueve con el contenedor y la otra queda fija como antes.