Cookies se puede hacer de dos formas, Javascript o PHP.
PHP
http://www.php.net/setcookie
Haces tu script en PHP que setee y verifique la cookie y mediante loadvars cargas el valor de la misma, si esta seteado muestra el banner.
Javascript
http://www.htmlpoint.com/javascript/.../06/index.html
La misma logica seteas y verificas el valor de la cookie mediante javascript y desde flash mediante
ExternalInterface verificas el valos y muestras el banner.