¿Qué lenguaje usar para animar una web?

[MauXXI]

Obviamente si pregunto esto es porque no quiero usar Flash.
Cuando entro a una página web y veo efectos en el menu como fade in y out, transparencias en las imágenes y un formulario animado me de curiosidad el cómo mi computadora lo reproduce todo sin haber una precarga.
Hago click derecho sobre las cosas que se animan y WOW, NO es Flash.
Entonces me pregunto: ¿Qué lenguaje usará esta gente para hacer cosas bonitas al ojo humano sin la complicación del Flash? Ni hablar de que no es gratis.
He buscado una respuesta en internet y no lo encontré. Creería que la respuesta está en CSS, XHTML, Java, Ajax, HTML, etc.
Si esta fue una pregunta tonta perdonenme pero me encantaría saberlo para empezar a entender.

PD: Flash sólo y únicamente sirve para hacer dibujos animados, reproductores multimedia y aplicaciones .exe. Con Flash (por el momento hasta que la tecnología de grandes pasos) NO sirve para hacer páginas web completas.

Hasta luego.