Si que puedes hacer todo tipo de manipulaciones con imagenes ..
Solo tienes que usar las librerías GD en PHP (extensiones que debes tener instaladas en tu PHP .. en un phpinfo() .. lo puedes ver) ...
Dispones de funciones como:
imagecopyresized () o imagecopyresampled () .. (segun la version de las GD q tengas y si trabajas o no en "truecolor" ..)
En esas funciones uno de sus parametros son las coodenadas de origen de "corte" de la imagne fuente.
mas info:
http://us.php.net/manual/en/ref.image.php
Un saludo,