Hola,
¿Como lo tienes almacenado en la BD? Si lo tienes todo en mayusculas, puedes pasar a mayusculas la entrada del usuario con la funcion PHP
strtoupper().
Pero si no los tienes en la BD todos a mayusculas, puedes usar la funcion UCASE() de MySQL dentro de la consulta. Asi:
$consulta="select * from usuarios where UCASE(user)=UCASE('$user')";
Con esto estas comparando la version en mayusculas del campo de la BD con la version en mayusculas de la variable.
Yo recomendaria el segundo metodo.
Espero haber sido de ayuda.