El problema es porque los dos elementos que están adentro van flotados, esto hace que no se tomen en cuenta para la altura del elemento contenedor, ni en IE6 o en otro navegador.
Lo que tienes que hacer es algo así:
<div id="contenedor">
<div id="flotado1">
</div>
<div id="flotado2">
</div>
<div id="emparejador" style="clear: both;">
</div>
</div>
El clear: both; de "emparejador" le dice al navegador que no debe haber ningún elemento flotado a los lados de este elemento, así que lo dibuja una vez pasados los elementos flotados y como no está flotado arrastra consigo a la altura del contenedor.