Puedes crear cuentas en el sistema, usando junto con tu script sudo y expect.
sudo, te permite asignarle a un usuario acceso temporal a comando del sistema para los cuales no tiene permiso.
Expect, te permite trabajar con comando interactivos como el passwd.
La direccion de cada aplicaciones es la siguiente:
sudo Expect
A hora tu problematica en si es que necesitas crear cuentas, que deben de usarse para correo sin ningun permiso adicional dentro del sistema. Lo que te recomendaria en este caso es que mejor usaras servidores IMAP, que pueden tener sus propias bases de usuarios, algunos de ellos tiene modulos para hacer la autentificacion con MySQL o PostgreSQL y de esta forma no tocar el archivo de usuarios reales del sistema. Opiones para esto esta el uso de:
Courier IMAP o
Cyrus IMAP,
VIMAP
El ultimo es una modificacion del WU-IMAP que generalmente se instala en las distros de REDHAT, para hacer uso de dominios vistuales y bases de datos idependientes del sistema, el unico pero que le veo es que usa el Linuxconf. Existen mas proyectos que hacen lo mismo que los mencionado mas arriba pero seria cuestion de buscar. Obviamente implementar esto te llevara ha hacer algunas modificaciones en tu servidor actual pero nada que no puedas sobrevivir con el uso de un buen howto.