Hablar de eficiencia no se refiere únicamente a tiempos de ejecución. La eficiencia de un proyecto se ve desde el desarrollo del mismo. Al inicio pensé que tu segundo sistema se basaría en un sistema de plantillas como Smarty, el cual te separa totalmente código PHP de HTML.
Personalmente, uso un sistema de plantillas que programe hace un tiempo. Sencillo, que me permite tener el HTML aparte en archivos .html.
Entre imprimir código HTML fuera de los brackets de PHP y hacerlo con echo o print o funciones afines, creo que no hay diferencia, aunque hay quienes dicen que hacerlo con echo toma mayor tiempo.
Si te interesa el tiempo de ejecución y la carga al servidor, prueba viendo cuál de los dos sistemas carga más rápido (te aseguro que la diferencia son milisegundos). Así, desde este punto de vista, el sistema más eficiente es aquel con el que te sientas más cómodo trabajando.
