Ok, entonces, para dejar más en claro para quienes puedan tener el mismo problema:
El problema se presenta al abrir el AE, cuando estas intentando abrir el archivo de trabajo (.aep) no cuando tratas de abrir el AE vacío. ;)
Entonces, el error esta bien marcado, el 39::44 hace referencia a un archivo duplicado o sobrante de alguna secuencia, eliminándolo se resuelve el problema como en tu caso.
