Bueno, ese es un camino complicado
Lo fácil es, usar Camtasia por ejemplo
grabas tu pantalla, al finalizar te pregunta si deseas editar tu grabación, le dices que sí, y puedes editar o exportar con toas las configuraciones que quiieas, hasta darle salida SCORM. Te vas a Custom production settings, elijes Flash (FLV/SWF) escoges un reproductor, te vas a Flash Options y seleccionas FLV y lo demás es a gusto tuyo, exportas y ya tienes un FLV.
El problema es que tu exportas a un .fla eso no te deja hacer mucho, si Captivate te deja exportar a algun formato de video, será lo mejor.