He podido reproducir tu error y acabo de darme cuenta de que en el DVD Flick no es tan sencillo cargar un DVD como sí lo es cualquier otro archivo (AVI, MPG, MP4, etc...)
Pero creo que hay solución. Cuando extraigas cada DVD a tu disco duro, hazlo con el DVD Decrypter y lo configuras para obtener un único VOB (
http://www.mundodivx.org/foro/index.php?topic=18190.0), luego ese VOB es el que metes al DVD Flick.
Para más de una peli, vas añadiendo el VOB de cada peli con el botón "Add title", siempre que DVD Flick no se queje de exceso de tamaño... es así de simple