Pues al usar el menú desplegable hay una cosa de la que no te has dado cuenta: cuando un enlace tiene la clase "nivel1", queda oculto para IE6, que es reemplazado por lo que se ponga dentro del enlace del comentario condicional.
Al resto que no son desplegables, les has eliminado esa clase, pero en el primero te la has dejado:
<a class="nivel1" href="#">Opción 1</a>
Quita esa clase y resuelto.