Una opcion es que antes de meter en el array, mires si es el mes que toda, si no lo es meter los elementos vacios. Algo como
Código PHP:
$proximo_mes=calcularPrimerMes();
do {
while ($registro3['mes']!=$proximo_mes) {
$ydata[]=0;
$xdata[]=$proximo_mes;
$proximo_mes=calcularProximoMes($proximo_mes);
}
$ydata[] = $registro3['firmas'];
$xdata[] = $registro3['mes']."-".$registro3['ano'];
$proximo_mes=calcularProximoMes($proximo_mes);
}while ($registro3 = mysql_fetch_array($resultado3));