Se trata de usar las funciones de PHP de tratamiento de ficheros para generar uno ..
El manual de php.net .. encontraras funciones como fwrite() y afines:
http://us.php.net/manual/en/function.fwrite.php
Ahí mismo tienes un ejemplo funcional .. sustituye el contenido y el nombre del fichero por un javascript.js .. y el contenido en si por tu codio javascript ..
$filename = 'test.txt';
$somecontent = "Add this to the file\n";
Y acuerdate de usar el \n como salto de linea ...
Un saludo,