Hola, Liz26.
Si tienes una capa parecida a esta:
<div id="flecha" style="
position:absolute; border:1px solid red"; width:80; height:30>algo</div>
puedes ponerla a la altura de la pantalla que tu quieras con:
flecha.style.top= document.body.scrollTop
+10
Espero que te sirva. Saludos,