pero como estas usando el clear, te pongo un ejemplo de como debe ser:
Código css:
Ver original<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<style type="text/css">
#cabecera{ width:800px; height:100px; margin:0 auto; background:#999}
#contenedor{ width:800px; height:auto; overflow:auto; margin:0 auto; padding:0 0 5px 0; background:#333}
#izq{width:200px; height:250px; background:#fff; float:left;}
#der{ width:600px; height:250px; background:#CCC; float:right;}
.clear{clear:both;}
#pie{width:800px; height:30px; margin:0 auto; background:#666;}
</style>
</head>
<body>
<div id="cabecera"></div>
<div id="contenedor">
<div id="izq"></div>
<div id="der"></div>
<div class="clear"></div>
</div>
<div id="pie"></div>
</body>
</html>
pruebalo y avisas como te va
PD:las medidas fijas en los altos de las columnas son solo para ejemplo pueden tener cualquier medida o se auto