DoPey. Yo tampoco entiendo muy bien que necesitas. Como nadie está viendo el código css posiblemente reaccionen las cosas diferente, porque estás poniendo cosas diferentes, que ciertamente pueden funcionar igual.
Pero para fines prácticos probablemente te convenga más poner el menú dentro de un div, así no te limitarás por ejemplo a poner una sola lista, sino podrás poner un título al menú, una lista, otro subtítulo, otra lista, por ejemplo.
Poner el ul directo dentro del body, probablemente te quite flexibilidad.
Ejemplo metiendo las cosas en un div, y dentro 2 ul diferentes:
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Quienes Somos
Que Hacemos
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Si asignas estilos a div#Menu ul {bla bla}
No tendrás que estar asignando class o Id a las 2 ul por separado. Las ul se actualizarán solitas.