Puedes utilizar
SUPER© http://www.erightsoft.net/SUPER.html
Pero para manipular los archivos de video y obtener el resultado esperado, tienes que dominar el tema de codecs, formatos, contenedores, bitrate, resoluciones, relación de almacenamiento de píxel y de aspecto, imágenes/s, etc.
Cuando ya lo domines, lo primero es analizar todos los parámetros del video a manipular con el programa
gspot
y con esos datos calcularas los parámetros que le tienes que poner al programa que utilices para crear el nuevo archivo de video.
Saludos.