Hola, lo mas simple que se es animar el movieclip con actionscript desde el primer fotograma de la pelicula. Es decir, en el primer fotograma de tu pelicula pones el movieclip en el stage y le das nombre de instancia por ejemplo: cuadrado_mc
Creas otra capa y de vuelta en el primer fotograma del stage pones:
import mx.transitions.*;
import mx.transitions.easing.*;
(y aqui el codigo que quieras)
Te paso dos paginas para que veas ejemplos y puedas copiarlos con tu flash y asi ir experimentando un poco haciendo algunas modificaciones. Yo no soy un capo de esto, algo fui aprendiendo. Tambien hay otra forma de hacerlo que no son con las mx transitions que funcionan casi similar pero parece que el codigo es mas simple.
http://www.mosessupposes.com/Fuse/ Igual anda probando primero con lo otro!