Hola,
Si solo quieres que puedan cambiar los colores y alguna imagen, en lugar de tener x versiones, lo que puedes es usar parametros. Por ejempo, tener una variable $imagen_logo y donde quieras que aparezca el logo pones <img src="<?php echo $imagen_logo; ?>">. Luego lo unico que tienes que hacer es inizializar la variable segun el tema seleccionado. Con los colores puedes hacer los mismo o usar varias hojas de estilo, una por tema. Y luego usar PHP para cargar la correspondiente a cada tema. Esta ultima opcion quizas es la mejor si lo que haces es dar a elegir temas. La opcion de las variables quizas es mas recomendable si le permites elegir uno a uno los colores.
Espero haber sido de ayuda.