Ya lo he conseguido. El problema principal era que al darle una ruta que no era la "de python" me creaba una carpeta por cada subcarpeta. La solución ha sido moverme a la carpeta en la que quiero crear el archivo .zip.
Código:
os.chdir(path) #cambiar al directorio donde quiero crear la carpeta zip
zfilename = "comprimido.zip"
tFile = zipfile.ZipFile(zfilename, "w")
files = os.listdir(path)
for file in files:
print file
if os.path.isfile(file):
if file != zfilename: # para que no meta el archivo comprimido en el archivo comprimido generando un bucle infinito
tFile.write(file)
tFile.close()
Un saludo!