Depende de lo que quieras hacer.
El PHP es el lenguaje de programación web que interpreta el servidor y genera dinámicamente una página HTML con la gran ventaja de que nunca muestra su código fuente y tiene una inmensa cantidad de instrucciones para manejar de lo mas básico hasta lo mas complejo, por otro lado, es orientado a objetos (ahi nunca he experimentado, jaja).
Javascript, es un lenguaje de programación que se ejecuta en el cliente. Su código fuente siempre se ve, no es muy accesible, se pueden crear hartos programas basado en su lenguaje, pero no recomiendo su uso para sitios webs (a menos que sea no intrusivo).
Bueno, yo te recomiendo PHP, pero tu debes elegir cual según lo que deseas hacer y viendo cada una de sus ventajas.
saludos!