Insisto, en principio seria un mensaje no tan agresivo como "cambiate a un navegador real y deja esa /$&(%& de IE" (
perdon)... sino mas bien, incluir un enlace a articulos donde se hable de las desventajas de usarlo, comenzando por las de seguridad y dejando al final lo de compatibilidad, porque, a fin de cuentas, si un usuario entra a nuestro sitio buscando informacion y esta le sirve, entonces no le importara si el susodicho navegador respeta nuestros diseños o no.
Adicionalmente, cuando el usuario haga click en el enlace (o en un boton de cierre en la barra), almacenar una cookie para no volver a mostrar el mensaje y dejar de ser intrusivos.
Por ultimo, nuestra obligacion como programadores es hacer que nuestras webs se vean bien en los navegadores mas comunes y, si IE6 aun tiene un porcentaje relevante de usuarios en nuestro mercado meta... caramba, por sentido comun tenemos que seguir creando webs compatibles, por mas que odiemos hacerlo.