hola
prueba con esto, por ejemplo si tienes el codigo del flash asi:
<object width="420" height="69">
<param name="movie" value="tagcloud.swf"></param>
<embed src="tagcloud.swf" type="application/x-shockwave-flash" width="420" height="69"></embed>
</object>
añade entre los tags <object>:
<param name="wmode" value="transparent"></param>
y dentro del tag <embed:
wmode="transparent"
quedando algo asi:
tendria que quedar asi:
<object width="420" height="69">
<param name="movie" value="tagcloud.swf"></param>
<param name="wmode" value="transparent"></param>
<embed src="tagcloud.swf" type="application/x-shockwave-flash" wmode="transparent" width="420" height="69"></embed>
</object>
saludos !!