Bueno, sí puedes manipular los nodos de manera independiente, entrando primero a la selección de mascara en la línea de tiempo, seleccionas qué mascara vas a manipular, y la manipulas... Pero AE no es el mejor manejador de vectores por lo que podrás moverlos o eliminarlos, pero no abrir la máscara para dejarlo como trayecto.
Lo que debes hacer en este caso es seleccionar la máscara que vas a manipular, copiarla o cortarla, pegarla en Illustrator, manipular los nodos, copiar o cortar, y pegar seleccionando la capa, esto pegará la máscara o trayecto según lo hayas manipulado ;)
Si tienes más dudas, me avisas :D
