Ok veamos supongo que esos videos y audios ya estan editados o por lo menos hechos (sin tener que hacerle modificaciones ni nada) tal y como quieres que se vean en la web, para pasarlos a .flv puedes usar el "super" de erighsoft, ahora que si tienes que editar los videos, pues no te quedara que conseguir un editor de video como es Vegas o Premier, estos programas te pueden exportar el video directamente a .flv dandole la calidad que necesites, en cuestión de audio puedes usar audacity y con el super cambiarlo igual a .flv
MM programas para reproducir desde la web, sería más fácil que hicieras tu código y lo incrustes en esa web en esta página hay algunos tutoriales
http://www.banditwebdesign.com/ solo busca la sección de video y ahi viene un ejemplo del código que necesitas, para hacer un reproductor.