Bueno!
El mensaje de confirmacion se abrira siempre y cuando tu no hayas creado la ventana por medio de un Window.open
Esto es una "medida de seguridad" ya que tu no tienes derecho de decidir por el Usuario si quiere cerrar dicha ventana o no.
Las ventanas que podras cerrar sin que te pida confirmacion son solamente las que tu haz creado por medio de JavaScript Como ya dije antes.!!
Saludos!!
