Pues sí, cada codec sirve para cosas específicas, por eso depende lo que necesites es la combinación a usar...
Si no tienes problemas de espacio en DD, el codec Animation de QuickTime o el Uncompressed de Avi son buenos, pero pesados. Si es para almacenar es una configuración, si es para TV es otra, si es para web es otra, y así.
En la sección de soporte multimedia de mi sitio web hablo de todos los formatos y demás cosas importantes a la hora de codificar un video
http://www.proimagen7.com/search/lab...7;20Multimedia 