Está hecho a lo rapido pero sería algo como esto, revisalo por posibles errores.
Código php:
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if($cant_registros>0)
{
$count = 0;
echo '<li>';
{
$count++;
echo '<p>'.$row["id"].'</p>';
if($count%3==0 && $cant_registros!=$count) // Si es multiplo de 3 y no es el ultimo cerramos y abrimos.
{
echo '</li><li>';
}elseif($cant_registros==$count) //Si es el último cerramos.
{
echo '</li>';
}
}
}