pasa eso por que tu web no tiene un ancho mínimo y entonces colapsa, por ejemplo en el div #cabeza, no tienes un ancho entonces asume el 100%, si colocas:
Código:
#cabeza {
min-width:941px/*creo que manejas ese ancho*/
background-color:#D3DDFF;
height:247px;
}
pero esto en explorer no funciona(al menos no en el 6), así que puedes usar un comentario condicional
Código:
<!--[if IE 6]><style>#contenedor {width:expression(
(document.documentElement.clientWidth < 941)? "941px" : "auto"
);}</style><![endif]-->