Seguro que el problema es por el padding y/o el margin, IE tiene una padding y margin por defecto diferentes de los de FF. Si estas usando css externo, te recomendaria que usaras
Cita: * {
margin: 0;
padding: 0;
}
Lo que hace es eliminar el margin (margen exterior) y padding (margen interior) de todos los elementos.
Saludos.