Buscando como hacer algo parecido di con este hilo del foro.
Yo lo solucioné utilizando la funcion readlines(). Basicamente esta funcion 'itera' sobre las lineas de un archivo abierto previamente en modo lectura.
mi algoritmo mas o menos fue el siguiente:
f = open('mi_archivo','r')
f1 = open ('archivo_nuevo','w')
for line in f.readlines():
if me_interesa(line):
escribo_en_archvo_nuevo
Espero que te sirva
Un saludo