En efecto, el script se ejecuta de arriba a abajo, lo que puedes hacer es hacer el condicional antes:
Código:
if( condicion() ) {
$title = "foo";
$file = "foo.php";
} else {
$title = "bar";
$file = "bar";
}
include 'header.php';
include $file;
include 'footer.php';
Saludos.