uffff, que dificil
Mira yo durante muchos años he trabajado con quark. periodicos revistas etc
Hace cosa de 2 años empece con el indesiing, y siguo usandolo.
Sin menospreciar a quark, me quedo con indesign, lo que tiene mas a su favor es la integracion con los productos adobe (reconoce los psd, transparencias, archivos vectoriales de illustrator etc).
Ademas tiene mas herramientas directas en cuanto a diseño.
Conclusion: En mi opinion me parece mucho mejor indesign, aunque para hacer una maqueta tipo periodico seguiria usando quark.